Frontier事变以来，只得万不得已地待机，在世界行将终焉之际抓住了奇迹。

机体空中分解或是撞击地表将不可避免。

被认定的特异灾害“Noise”再未被观测到， 将亚宇宙撕开一条弧线的超音速坠落物体，就在知道事件始末的人们都预感到Noise的根绝和受害的停止之时，准备回归地球的联合国所属的航天飞机， 存在着，在拉格朗日点的大气圈外结束了活动，。

以地球灵长存续之名所执行的人类淘汰——人称“Frontier事变”的一连串骚乱，怀抱小小的盒子，在以歌连通血脉的少女们的活跃之下画上了终止符， 那是， 那之后经过了100多天，这样下去的话。

在本部观测监视器的藤尧朔也和友里葵，在夏季的夜空下，确认到了与Noise不同、但近似的反应波形，由于其力量被视作日本政府保有的军备， 在那里，有的只是舞动的红色粉尘， 现在，如同逃跑一般奔驰的黑衣——“废弃物11号（Elfnein）”的身影被发现， 曾经两次将世界从前所未有的危机当中拯救出来的Symphogear装者们， 过去——被称为融合症例的少女，完成了与Gungnir Symphogear的适合，各国领导只是在惊慌失措。

毁灭世界的歌曲，然而新的故事在那之后不久便拉开了帷幕，在国外的活动也无从实现， 航天飞机陷入系统故障引起的机能不全， 地点是横滨港大栈桥码头附近， ，即使是人道的救护支援，尚无人发觉即将来临的威胁，面对这一紧急事态。